En 1999 finalizó el periodo de Villanueva a la gubernatura, la cual obtuvo con las siglas del PRI. Pero fue al final de su mandato que las autoridades de Estados Unidos lo vincularon al narcotráfico, por lo que no se presentó al relevo de gobierno de su sucesor, Joaquín Hendricks.

Villanueva permaneció prófugo desde el 27 de marzo de 1999 hasta el 24 de mayo de 2001, cuando fue capturado en Cancún, con el cabello largo y barba.

Las acusaciones de EU contra el ex gobernador de Quintana Roo consistían en que el priísta recibiría hasta 500 mil dólares por cada cargamento que el cártel de "El Señor de los Cielos" enviara a esa entidad. La labor de Villanueva consistía en no interferir en las actividades del grupo delictivo.

Después de su captura, el exgobernador fue recluido en el penal del Altiplano, de donde fue liberado y vuelto a capturar.

En 2010, "El Chueco", como también se le conocía, fue extraditado a una prisión en Kentucky. En Estados Unidos, Villanueva admitió ante un juez haber “lavado” dinero para el narcotráfico.

Desde 1995 envió dinero hacia Bahamas, Panamá, Suiza y EU.